62% de las pymes en Costa Rica aún gestiona su contabilidad en Excel, pese a la nueva fiscalización digital de Hacienda

San José, Costa Rica — 26 de mayo de 2026. El Banco Central revisó a la baja su proyección de crecimiento para Costa Rica en 2026, pasó de 3,8% a 3,5% en el Informe de Política Monetaria de abril y, sin embargo, el mensaje para las pymes es menos sobre la velocidad de la economía y más sobre lo que cada empresario está haciendo con su propia operación. El crecimiento del país se desacelera; la presión sobre la pyme, no.

La fotografía del sector lo ilustra. Las pequeñas y medianas empresas representan el 97% del parque empresarial costarricense, según el Ministerio de Economía, Industria y Comercio (MEIC), con cerca de 27.000 pymes activas en el registro oficial. Pero el INEC contabiliza más de 435.000 microempresas de los hogares en su última Encuesta Nacional (ENAMEH 2024), y de ellas el 80,1% no lleva registros contables formales. Mientras tanto, desde octubre de 2025 la facturación electrónica 4.4 permite a Hacienda prellenar las declaraciones de IVA con los datos que la propia empresa emite, y auditar en tiempo real si la tarifa aplicada corresponde al bien o servicio vendido.

El resultado es una tijera silenciosa: por un lado, una autoridad tributaria cada vez más automatizada; por el otro, un universo de empresas que sigue operando con hojas de cálculo. Un estudio reciente sobre digitalización en pymes ticas encontró que 62% de ellas todavía gestiona facturación, inventario y atención al cliente de forma manual o en Excel, y un informe de Mastercard publicado en mayo de 2026 reveló que apenas el 27% acepta pagos con tarjeta a pesar de que sólo 16% de los pagos de consumo personal en Costa Rica se hace en efectivo.

"El problema no es que el empresario tico no quiera digitalizarse —de hecho la mitad de las pymes ya usa alguna forma de IA, según una encuesta de Microsoft—. El problema es que llega al cierre del mes y todavía depende de su contador para saber cómo le fue", afirma Jahzeel Cordero, Gerente de Regulación de Alegra para Costa Rica. "Cuando esa información llega tarde, llega cara: en multas, en oportunidades perdidas, en decisiones tomadas a ciegas."

Alegra opera en el país desde hace varios años con más de 72.000 pymes registradas en su plataforma —el 64,5% lideradas por mujeres y un 36% por personas menores de 35 años, según datos de la compañía—. Su software conecta facturación electrónica 4.4, contabilidad, inventarios y nómina en un solo sistema en la nube, y suma capas de inteligencia artificial específicas para el cumplimiento tributario tico: categoriza automáticamente cada gasto en la cuenta contable correcta, concilia movimientos bancarios sin intervención manual, alerta sobre inconsistencias antes del cierre de cada período y sugiere el código CABYS aplicable a cada bien o servicio, una de las causas más comunes de rechazo en el sistema de Hacienda.

"La factura ya no es solo un documento para el cliente; es un insumo directo para la fiscalización", agrega Cordero. "Las empresas que han automatizado el proceso desde el principio son las que no han tenido que improvisar con cada actualización de Hacienda. Lo que estamos viendo en Costa Rica es que la diferencia entre una pyme que sobrevive cinco años y una que no, cada vez tiene menos que ver con el producto y más con qué tan a tiempo sabe cómo está su flujo de caja."

El BCCR proyecta una economía costarricense estable en 2026 y 2027, sin presiones inflacionarias mayores. La oportunidad para las pymes —en un escenario donde el techo de crecimiento del país ya no aporta tanto viento de cola— está en lo que cada empresa pueda ganar por dentro: en horas no perdidas, en multas no pagadas y en decisiones tomadas con información del día, no del mes pasado.